Dla prawidłowego funkcjonowania gruczołu mlekowego ważne są jego właściwości morfologiczne oraz własny układ odpornościowy z białymi krwinkami, przeciwciałami i substancjami hamującymi rozwój bakterii, takimi jak laktoferyna czy kompleks laktoperoksydazy. Istotnym mechanizmem obronnym jest również tworzenie korka keratynowego w kanale strzykowym.
Własna odporność gruczołu mlekowego jest związana z ogólną zdolnością obronną organizmu i obejmuje również lokalne mechanizmy obronne. Gruczoł mlekowy jest gęsto przetkany naczyniami krwionośnymi i limfatycznymi. Infekcji broni się zatem za pomocą białych krwinek i przeciwciał zawartych w krwi.
Gruczoł mlekowy ma kilka systemów obronnych, którymi organizm stara się nie dopuścić mikroorganizmów do wymienia, a te, które już przeniknęły, zlikwidować. Istotnym mechanizmem obronnym jest tworzenie korka keratynowego (lactosebum) w kanale strzykowym. Ustalono, że korek krów wrażliwych na mastitis zawiera wyższą ilość kwasu olejowego i linolowego, więc jest inny.
Innym istotnym czynnikiem jest zdolność zwieracza kanału strzykowego do zamykania się. Krowy mleczne, które są ekstremalnie szybko dojne (kanał jest łatwo otwarty), mają większą skłonność do mastitis.
Do mleka produkowanego w wymieniu organizm krowy wydziela kilka zasadniczo chemicznych składników, które łączą się w tzw. kompleks laktoperoksydazy zdolny do zabijania bakterii. Podobnie działa również laktoferyna, wydzielana do mleka - hamuje (inhibuje) rozwój tych rodzajów bakterii, do wzrostu których potrzebne jest żelazo.
Własna odporność gruczołu mlekowego jest związana z ogólną zdolnością obronną organizmu, ale znajdują się w niej również lokalne mechanizmy obronne. Gruczoł mlekowy zawiera dużą ilość naczyń krwionośnych i limfatycznych i broni się tak infekcjom za pomocą białych krwinek oraz przeciwciał zawartych w krwi.